九州のある炭鉱で突然、出水事件が起った。技師の河村繁が現場に急行、そこに由造という鉱夫の死体を発見した。警察が捜査に乗出したが、由造と一緒に入坑して姿を見せぬ五郎が犯人と目された。ところが捜査に入坑した警官が更に惨殺された。その晩、ボタ山附近から巨大な怪獣が鋏を振りあげ警官隊に迫ってきた。拳銃を射っても手応えがなく怪獣は坑内に逃込んだ。繁は機関銃を構えた警官と坑内に入ると、そこに五郎を鋏で押えつける怪獣がいた。機関銃で怪獣を倒し五郎を救い出そうとした瞬間、繁は落盤と共に穴へ落ちた。洞窟の中には無数の怪獣がうごめき、更にそれをついばみ今しも孵化しようとする巨大な生物がいた。繁は気を失った。数日後、繁は火山研究所の所員に救われた。しかし記憶喪失症にかかっていた。鉱山では古生物学者の柏木博士らを招き怪獣について研究した。博士は、前世紀にメガヌロンと呼ぶ巨大なトンボがいて、石炭の中に埋れていたその卵が水爆実験による地核の変動で孵化したのではないかと結論した。一方福岡の自衛隊ではジェット機の一倍半の超音速で飛ぶ怪物体を確認、外電はマニラ市の全壊、奄見大島に津波襲来などの被害を報じた。繁は漸く記憶を回復、彼の証言と洞窟内の卵の殻から、柏木博士は空飛ぶ物体をプテラノドンと断定した。プテラノドン略称ラドンとは中世紀に棲息した飛竜の一種で翼長三〇～五〇フィート、始祖鳥としては最大のものだが、これが地底で孵化し全長二七〇フィート、体重百トンを超える巨大さに異常生長したものと推定された。ラドンの飛ぶ速さは音速を超え、衝撃波を起し、そのため東南アジア一帯に被害を生じたのである。航空自衛隊は、阿蘇山付近にラドンがいるとの報にジェット機を向けて攻撃したが三機ほど瞬く間に叩き落された。しかし巧みな攻撃にラドンは翼のつけ根にロケット弾を打込まれ佐世保西海橋付近の海中に大津波を起して突込んだ。が、ラドンは辛くも舞上り西海橋を真二つにして博多市に現われた。地上すれすれに飛ぶ断末魔のラドンの羽ばたきで高層ビルが倒れ市内は阿鼻叫喚の巷と化した。その時、もう一羽のラドンが現れ、手負いのラドンを救出して去った。対策本部は再びラドンの襲来を予想し阿蘇山火口の巣を攻撃。ロケット砲とジェット機の猛攻で火口底は火の海。さすがのラドンも、大噴火のもと、遂に熔岩の奔流に押し流されていった。