野原家にしんのすけ（声：小林由美子）が生まれてから5年、嵐のようでありながらも平和な日々を送ってきたところに、ある日、屁祖隠ちよめ（声：川栄李奈）という女性が5才の少年・珍蔵を伴ってやってくる。そして、自分がしんのすけの本当の母親で、珍蔵こそひろし（声：森川智之）とみさえ（声：ならはしみき）の本当の子供あると訴えた。突然のことで戸惑う野原家だったが、追い返すわけにもいかず、ちよめと珍蔵を泊めることに。するとその夜、突如謎の忍者軍団が襲いかかってくる。ちよめは実は忍者の里を抜け出して追われているくノ一であり、ちよめの子としてしんのすけも忍者の里に連れ去られてしまう。忍者の里には地球のエネルギー、ニントルを閉じ込める地球のへそがあり、もし栓が抜けてしまうとニントルが漏れ出し、地球は枯れ、自転が止まり、明日はやってこなくなる。屁祖隠一家は先祖代々もののけの術の使い手として地球のへそを純金の栓で塞ぎ守ってきた忍者一族で、しんのすけはその跡取りだというが……。