ある日突然、“モグラ”と呼ばれる潜入捜査官になることを命じられた交番勤務のダメ巡査・菊川玲二（生田斗真）。日本一凶悪な犯罪組織・数寄矢会に潜り込み、“クレイジーパピヨン”こと日浦匡也（堤真一）と兄弟の契りを交わした彼は、何度も死にかけながらも、警察官の身分を明かさず無事に生き抜き、合間にちゃっかり童貞も卒業。最終目的だった数寄矢会会長・轟周宝（岩城滉一）の検挙は達成できなかったものの、傘下の阿湖義組組長・阿湖正義の引退、若頭補佐・月原旬を逮捕。しかし、思いがけず日浦組若頭に就任してしまった玲二は、極道の世界により深く潜っていく羽目に。同じ頃、正義感溢れるエリート警官・兜真矢（瑛太）が警視庁組織犯罪対策部課長に就任。警察官とヤクザの癒着撲滅をモットーに掲げる兜は、玲二の逮捕に向けて動き出す。そんなことはつゆ知らず、轟周宝から大仕事を言い渡される玲二。それは、極悪非道のチャイニーズマフィア・仙骨竜の撲滅、そして、轟周宝とその娘にして奇跡の処女・轟迦蓮（本田翼）のボディーガードになることだった。最終ターゲットを守らなければならないまさかの任務を与えられた玲二に、警察の中や海外から、かつてない危機が次々と襲いかかる。しかし、さらに巨大で凶悪な陰謀が水面下で動き出していることを、玲二はまだ知らなかった……。