江戸時代末期。黒船が来航し開国を要求。幕府を擁護し補佐する佐幕派と、幕府打倒と新しい政権の擁立を目指す倒幕派の対立が深まり、動乱の時代を迎える。武州多摩のバラガキ(ならず者)だった土方歳三(岡田准一)は、武士になるという夢を胸に、近藤勇(鈴木亮平)や沖田総司(山田涼介)ら同志と共に京都へ向かった。芹沢鴨(伊藤英明)を局長に擁し、徳川幕府の後ろ盾のもと、市中を警護する新選組を結成。土方は副長として手腕を発揮し、厳しい法度で組織を統率。また、運命的に出会ったお雪(柴咲コウ)と惹かれあっていく。倒幕派勢力を制圧しその名を轟かせる新選組だったが、時流は倒幕へと傾いていき……。