2010年、横浜市八千代区。家でも学校でもパッとしない小学校教師・市川新市の誰にも言えない愉しみ。それは、昭和53年、低視聴率の為に7話で打ち切られた幻のヒーロー番組『ゼブラーマン』の、自作のコスチュームを身に纏い夜の町をこっそり徘徊することだった。そんなある日、彼はカニの被り物をした宇宙人と遭遇、バトルを繰り広げるうちに不思議な力を身につけたことから、地球人に寄生し侵略を企む彼らと戦うハメになってしまう。こうして、奇しくもヒーローとなった新市だったが、彼は今回の事件が34年前に予見されていたことを知る。宇宙人に殺された目黒教頭が遺したゼブラーマンの台本。そこには、今目の前で起こっていることがそっくり書かれてあった。そう、実は宇宙人だった目黒教頭が仲間を裏切り、『ゼブラーマン』と言う番組を通して侵略計画を地球人に警告しようとしていたのだ。しかし、時既に遅し。遂に宇宙人の一斉侵略が始まり、教え子で新市よりゼブラーマンに詳しい晋平が捕らえられてしまった。防衛庁特殊機密調査部の及川や晋平の母・可奈の見守る中、宇宙人に戦いを挑むゼブラーマン・新市。晋平を救出した彼は、ゼブラのペガサスに変身すると、見事、宇宙人を倒し本物のヒーローとなるのであった。