モノノ怪・唐傘との壮絶な戦いから程なくして、再び大奥に現れた薬売り（声：神谷浩史）。その大奥内では、先の事件の余波で変化が生じていた。名家の出身・大友ボタン（声：戸松遥）が、総取締役・歌山の後任となり、規律と均衡を重んじて厳格な差配を振るい始める。それに伴い、天子の寵愛を一身に受ける叩き上げの御中臈・フキ（声：日笠陽子）との間に亀裂が生じ、両者の溝は深まるばかりであった。だが、天子の正室である御台所の幸子が産んだ赤子の後見人選定が進むなか、状況を一変させる大きな事態が訪れる。ボタンの父親である老中大友（声：堀内賢雄）への忖度のため、追い立てられた男たちの策謀がフキへと迫るのだった。錯綜する思惑、やがて暴走する“火消し”の策略……。同じ頃、突如として人が燃え上がり、消し炭と化す人体発火事件が連続して発生。モノノ怪の仕業とにらんだ薬売りは事態を収めようとするが、群れで行動し、神出鬼没の怪異に苦戦。薬売りはモノノ怪を斬るため三様「形」「真」「理」を突き止めるべく、大奥に巣食う闇へと足を踏み入れてゆくのだが……。